從事有機栽種首重養土，要讓土地恢復地利，邱家兄弟的生態養殖一樣花了許多時間進行養土、養水的功序。邱家的魚池不會同時進行養殖，有些池子作為循環池撿水蓄水，有些池子則需要曬池。通常是利用冬季到隔年少雨的季節，曬池的主要目的是將養殖過程中未完全分解的有機質變成無機鹽類，透過陽光進行最自然的殺菌和轉化，把池底爛泥巴曬到變乾硬有裂隙。
養土曬池時， 邱家也會用較天然的苦茶粕或石灰粉進行池底的殺菌。邱經堯說，如果曝曬不夠就開始入水放養魚蝦，池底的有機物質就會持續不斷變酸腐敗，影響水質穩定，當水中病毒菌類蟲體大量衍生，就會導致魚蝦大量生病或死亡。此時為避免損失的養殖戶就會大量投藥，而高密度的養殖戶全然是利用藥物來控制魚池的收穫。
近來台灣的氣候變化也更趨極端，不是不雨、就是暴雨，水和養殖戶息息相關，因而養水也是重要的一環。邱經堯說，他們會留一些循環池來儲存舊水以重覆使用。至於如何養水，邱健程依舊是一派輕鬆的說：「就是把它放著，水車放著跑，一段時間過後，自然會變好水。」
此外， 令人覺得有趣的是原來魚塭也做堆肥。邱家做蝦殼堆肥和下雜魚堆肥已有三、四年了， 一來減低魚塭裡廢棄物的產生，二來也可以作為池中生物食物來源。邱經堯很自豪地說，曾發生過一桶下雜魚堆肥倒入水池，照一般來說，水質變化過大，蝦子可能會死光光，可是後來竟然沒事，這代表魚池的生物相豐富才有辦法在短時間內分解瞬間升高的濃度。
關於養魚，為了全程掌握養殖生產的每一環節，避開不必要的用藥，邱家兄弟是從一公分的小魚苗小蝦苗開始飼養。從一公分的虱目魚養到收成，邱家需要十五個月，一般業界只需養四到五個月。對業者來說縮短養殖時間才是獲利之道，邱家用更長的飼養時間來確保水產品的安全，相對是得付出更多生產成本和風險，例如越冬的虱目魚有遇上寒害的風險。三倍的養殖時間、更低的產量、等待期間的風險，把這些因素都考量之後，試著想想生態養殖魚蝦該用多少價格才能對等反應其價值呢？
