一、腐敗之定義
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食品受到物理性、化學性或生物性的侵襲，產生腐敗性的變化，若變化的程度已達到不再適合人類食用（食品已變質，營養素喪失或毒素產生）就稱為食品腐敗。
二、食品中的微生物
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食品中常存在很多衛生上無害的細菌，徽菌及酵母菌等微生物，而此些微生物構成它固有的微生物群會引起人類與飲食障礙。
微生物分子可分為: 腐敗微生物，使食品產生劣變病原微生物，常引起人類腸胃性疾病。
我們平常所攝取的食品，除了特別情形外，一般都不是無菌的，通常每公克的食品中所含的細菌數為103～108，有時甚至高達106～107。即使調理好的食品，細菌數在每公克105以下，就被認為是正常，超過105以上，才會被認為有可能產生衛生上的問題。105的細菌數被認為是食品在微生物上的安全性指標。
三、食品中常見的微生物
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四、一次污染及二次污染
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食品從生產到消費階段，都曝露在各種不同來源的微生物污染的危險中。
一次污染
是指動植性之食品原材料在其生存中，受到其生活環境中的微生物感染或污染。一次污染的原材料，在隨後之食品的製造，加工或調理時大多會被去除，但原先的污染菌量越多，後來的殘存量也越多，所以最初的污染量有必要盡量降低。
二次污染
是指食品在製造，加工，包裝，保存，運送，銷售，調理…等過程中的污染。非病原菌的三次污染會加速食品的劣化，病原菌的二次污染（再污染）危險性極大。
所以，食品處理時的不衛生及在衛生管理不良的設施中加工調理，反而會加重之後的汙染，且有導致食物中毒之危險。
五、食品之變質或裂變
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脂質的氧化變質：
脂質的氧化係純粹的化學變化、紫外線、金屬等皆會加速其氧化作用。係因空氣中的氧與不飽和脂肪酸作用，最後產生一些酮類、酸類、醛類等，對人體有害之產物。
蛋白質劣變：
蛋白質經過一群腐敗性的細菌類作用，而分解成較低分子的化合物，產生種種有毒物質或具有惡臭的物質，這過程稱為蛋白質的腐效。
細菌對完整無損傷的蛋白質很難引起作用，一般隨著食品本身的酵素所引起的自己消化(autolysis)之進行，細菌之活動愈激烈，
分解過程如下：
六、發酵與腐敗
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從微生物學之觀點，發酵與腐敗皆是微生物的物質代謝，只是站在人類的角度，把不利於人類想利用的，就稱為腐敗，而把人類想利用或有利於人類的稱為發酵。
例如從乳牛身上擠出之生乳放置在室溫下，先是產酸細菌增生，把牛乳中唯一的乳糖分解，在利用它當能源而生成乳酸等有機酸，增加牛乳的酸味，並進一步使牛乳之酪蛋白沉澱而凝固。此現象係一種發酵，但因他對人利用牛奶有不利之影響，所以通常稱它為牛奶變敗或腐敗。
如果先把牛奶加熱殺菌，殺死牛奶中不必要的細菌，並重新加入預先純粹培養的乳酸菌，再放在適當溫度下培養，乳酸菌亦會分解乳糖，產生乳酸。所產生之酸，亦進一步使牛乳中之酪蛋白沉澱而凝固，最終牛奶亦完全凝固，此種刻意使它凝固的現象，稱為發酵。
所以，腐敗與發酵從微生物學來看是同一件事，只是對人類有利
的稱為發酵，對人類不利的就稱為變敗、腐敗。
七、為何食品會腐敗?
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容易引起食品腐敗的因素可分為：
物理因素
溫度：溫度愈高，腐敗愈快。
濕度(水分)：水分含量愈多，食品愈容易腐敗。
光線：光線會造成食品褪色及營養素破壞。
化學因素
氧：氧會引起食品氧化作用，油脂氧化酸唄。
生物因素
大型：鼠類
中型：昆蟲類
小型：菌類（細菌、黴菌、酵母菌）
自分解酵素：
(1) 定義：存在細胞中的分解酵素，當細胞死亡後，自分解酵素從細胞中釋出，將細胞分解掉。
(2) 自分解酵素與食品
自分解酵素與微生物是使食品劣變與腐敗最大的原因，抑制酵素作用及微生物的生長，便可達到食品保存的目的。不過，利用自分解酵素的分解作用，亦可運用於肉的軟化，牛肉的所謂熟成就是利用牛肉的自分解酵素將牛肉分解，使食用者吃牛肉覺得軟嫩可口。