政府在在衛生福利部下設立國民健康署，其目標在推動健康促進，利用國人基本健康資料，制定符合本土性的健康公共政策；加強基層健康照護工作及創造支持性的環境，以強化社區行動力；並善用衛生教育，加強民眾健康自我決定與管理能力；協同地方縣市衛生署所、各級醫療院所並結合民間團體力量，共同實踐政府健康政策，為全民打造健康優質的生活環境。 主要任務為訂定健康促進政策及法規；建構健康友善的支持環境；規劃及推動生育健康、婦幼健康、兒童及青少年健康 、中老年健康、菸品及檳榔等健康危害防制、癌症、心血管疾病及其他主要非傳染疾病防治、國民健康監測與研究發展及特殊健康議題等健康促進業務。